肺小结节穿刺最多见的并发症是气胸和出血，发生的概率与肺结节大小、深度、穿刺次数有关，一般来说肺结节越小、越深、穿刺次数越多造成气胸和出血的概率越大。
我们的肺周围包着一个密闭的空间叫做胸膜腔，当胸膜腔的壁破裂后，肺内的气体或者外界的空气进入胸膜腔叫做气胸，严重的气胸会造成呼吸困难。穿刺过程穿刺针通过胸膜进入肺内，就有可能会形成气胸，据统计肺穿刺造成气胸的概率大概在10%～20%，当少量气胸时(小于30%)一般无需处理可自行吸收，当气胸超过30%时则需临床对症处理，如胸腔闭式引流。另一个常见并发症是出血，穿刺针进入肺内会损伤到肺组织和小血管，会造成出血，少量出血亦无需处理，出血较多时应给予止血药对症治疗，当出血进入到周围的支气管时，患者会出现咯血，少量咯血一般在20分钟内渐止，大量咯血则需临床对症处理，严重时甚至可能造成患者窒息。
另外，还有偶尔报道的罕见并发症，如肿瘤针道转移、空气栓塞，都非常罕见。
